PukiWikiにはタグやカテゴリの機能は基本的にはありません. 
しかしながら
PukiWikiには..
 現在のページにリンクを貼っているページ一覧を表示する機能があります。
 この機能を使用することにより、各ページをカテゴリ分けすることができます。
 例えば「カテゴリ」というページを作成、
 「ページ1」、「ページ2」に [[カテゴリ]]というリンクを貼ると
 「カテゴリ」ページで#relatedと記述することにより、
 「カテゴリ」ページにリンクを張っているページを一覧することができます
 (「ページ1」、「ページ2」が表示される)。
 このことを「カテゴリ」に属しているページを一覧している、
 と考えることでカテゴリ分け、と考えることができます。

 実用的には「カテゴリ」ページは特別なカテゴリページ群として区別するために、
 「Category/カテゴリ名」というページ名ルールを用いたり
 「:カテゴリ名」と先頭に : をつけて隠れページ化 
 (隠れページの定義は pukiwiki.ini.php の $non_list でされています)
 するなどして利用します。

隠れページにしておくと Recent changesや#relatedなどの自動生成されるところには
リストアップされないようです.

とりあえず,  KNOPPIX/Mathに収録されているものなどにタグを振ってみました.
[[:tag:]]にタグの一覧を置いておきます.

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